제주도에는 환경부에서 지정한 멸종위기야생식물Ⅰ,Ⅱ(2005.2)에 해당하는 식물이 29종류가 분포하고 있다. 이중 곶자왈지대에 분포하는 종류로는 제주고사리삼, 개가시나무, 으름난초, 순채, 물부추, 등 5종이 서식하고 있으며, 특히 제주고사리삼과 개가시나무는 곶자왈지역이 주 자생지라 할 수 있다.

멸종위기야생식물은 개체수나 위협정도, 식물학적 특성 등에 따라 Ⅰ,Ⅱ급으로 구분하는데, 곶자왈의 분포종들은 모두 Ⅱ급에 해당한다. 제주고사리삼의 경우 2005년도 야생동식물보호법 개정에 따라 새롭게 추간된 종류로 선흘곶을 중심으로 분포한다. 개가시나무는 이전 보호야생식물로 지정되어 현재까지 법정식물로 구분되고 있으며, 저지곶자왈지역이 가장 많은 분포를 보이며 선흘곶지역에도 10여주 정도가 분포하고 있다.

<물부추>
또한 순채와 물부추는 특히 습지의 발달이 많은 동부지역 곶자왈에 분포하는 수생종들로 곶자왈의 기반지형과 밀접한 관련이 있다고 할 수 있다. 이러한 이유로 생육면적이 작고 생육개체도 적은 편이다. 도내에서도 이들 종류는 동부지역에 다수의 생육지가 분포하고 있다.

<으름난초>                                                                           <순채>

  으름난초는 국내에 분포하는 부생식물 중에는 가장 대형인 종류이며 전체에 엽록소가 없어 갈색을 띠는 무엽인 부생식물이면서 Arimillrariella 라는 균과 공생하는 것과 관련이 깊은 것으로 알려져 있다. 일반적으로 낙엽활엽수림지역이 주 분포지로 곶자왈지역은 이 종의 분포한계에 해당된다고 볼 수 있는데, 최근의 보고에 의하면 완도 등 전라남도 도서지방에 분포하여 일본에도 분포한다고 한다.현재까지 곶자왈지역에서는 낙엽수가 우점하는 지역에만 분포하고 있다.